En varios tuits –de finales de 2015 y principios de 2016—hizo referencias al que fuera mano derecha del dictador Franco y al atentado de ETA que acabó con su vida el 20 de diciembre de 1973.
El juez de la Audiencia Nacional Santiago Pedraz ha propuesto continuar el procedimiento y juzgar al concejal de Ahora Madrid Guillermo Zapata. La Sala de lo Penal le obligó el pasado mes de diciembre a levantar el archivo que había decretado, al considerar que el comentario que hizo en la red bordea el descrédito, menosprecio o humillación a las víctimas de los delitos terroristas o de sus familiares.
Guillermo Zapata ha aprovechado su comparecencia ante el juez de la Audiencia Nacional Santiago Pedraz para pedir "perdón" a todas las víctimas del terrorismo por los tuits que escribió.